| Téléchargement | - Voir le manuscrit accepté : Towards a Weighted-Tree Similarity Algorithm for RNA Secondary Structure Comparison (PDF, 504 Kio)
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| Auteur | Rechercher : Jin, J.; Rechercher : Sarker, B.K.; Rechercher : Bhavsar, Virenda; Rechercher : Boley, Harold; Rechercher : Yang, L. |
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| Format | Texte, Article |
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| Conférence | IEEE Computer Society, 8th International Conference on High Performance Computing in Asia Pacific Region (HPC Asia 2005), November 30 - December 3, 2005, Beijing, China |
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| Résumé | Un algorithme de similitudes d'arborescences pour la comparaison de la structure secondaire ARN (acide ribonucléique) est présenté. Les éléments (nucléotides et paires de nucléotides) d'une structure secondaire ARN sont représentés comme des arborescences normalisées pondérées par nœuds. Nous montrons que nos représentations à arborescences pondérées des structures secondaires ARN sont informatives et utiles. D'après cette représentation unique de la structure secondaire ARN, nous proposons un algorithme de similitudes d'arborescences à pondération pour le calcul de la similitude entre les structures secondaires ARN. L'algorithme est justifié en calculant les similitudes entre plusieurs structures secondaires ARN bien connues. Pour une structure secondaire ARN donnée, l'algorithme proposé offre une liste des structures ARN classées par rang dans une base de données, conformément à leurs valeurs de similitudes avec l'ARN de l'interrogation. Ainsi, notre algorithme est utile pour prévoir les fonctions et la classe d'une ARN nouvellement découverte. |
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| Date de publication | 2005 |
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| Langue | anglais |
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| Numéro du CNRC | NRCC 48536 |
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| Numéro NPARC | 5764310 |
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| Exporter la notice | Exporter en format RIS |
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| Identificateur de l’enregistrement | fcddcc0f-51b5-4410-8896-508e33668aa3 |
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| Enregistrement créé | 2009-03-29 |
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| Enregistrement modifié | 2020-10-09 |
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