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Analysis of genotyping-by-sequencing (Gbs) data

Par Conseil national de recherches du Canada

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  1. (PDF, 634 Kio)
DOITrouver le DOI : https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3167-5_15
AuteurRechercher : 1; Rechercher : 1; Rechercher : ; Rechercher : 1; Rechercher : 1; Rechercher : 1
Affiliation
  1. Conseil national de recherches du Canada. Développement des cultures et des ressources aquatiques
FormatTexte, Chapitre de livre
Sujetbowtie; demultiplexing, Read map ping; GATK; GBS; denetic variation; denotyping; denotyping -by-sequencing; haplotype; haplotypecaller; imputation; InDels; minor allele frequency; next generation sequencing; RAD-seq; reduced representation sequencing; SAMtools; single nucleotide polymorphism; trimmomatic; unifiedgenotyper
Résumé
The development of genotyping-by-sequencing (GBS) to rapidly detect nucleotide variation at the whole genome level, in many individuals simultaneously, has provided a transformative genetic profiling technique. GBS can be carried out in species with or without reference genome sequences yields huge amounts of potentially informative data. One limitation with the approach is the paucity of tools to transform the raw data into a format that can be easily interrogated at the genetic level. In this chapter we describe bioinformatics tools developed to address this shortfall together with experimental design considerations to fully leverage the power of GBS for genetic analysis.
Date de publication
Maison d’éditionSpringer
Dans
  • Plant Bioinformatics (2016) : 269–284.
Série
  • Methods in Molecular Biology, nº 1374.
Langueanglais
Publications évaluées par des pairsOui
Numéro NPARC23000693
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Identificateur de l’enregistrement2ebe20b9-f190-4f15-a0a5-a8789df676f1
Enregistrement créé2016-08-24
Enregistrement modifié2020-06-18
Date de modification :